Durante la guerra greco-gotica (nel VI sec.) i Bizantini, alla ricerca di un sicuro approdo a sud di Salerno, individuarono nel promontorio il luogo dove poter costruire una fortezza e diedero ad esso il nome di Acropolis. Nel 568 i Longobardi invasero l'Italia e dopo aver conquistato rapidamente il Settentrione, si rivolsero, assoggettandoli al Centro ed al Sud della Penisola. Successivamente, i Bizantini, rafforzano le strutture difensive delle città, dei borghi e dei Castelli e potenziarono la fortezza di Agropoli con l'innalzamento di mura la dove lo strapiombo della roccia non proteggeva l'abitato. Anche Paestum e le campagne vicine subirono le incursioni dei Longobardi e, a seguito di ciò, il Vescovo di Paestum, Felice, si rifugiò ad Agropoli insieme al clero, ai curiali ed alcune famiglie di notabili. Agropoli divenne cosi sede vescovile. Fu propio a questo Vescovo, di nome Felice, che il Papa Gregorio Magno inviò una lettera incaricando di prendersi cura dei Vescovati di Velia, Busunto e Blandia, essendo, quella di Agropoli, l'unica sede Vescovile dell'aria Bizantina tra i golfi di Salerno e Policastro. Questa lettera del 578 testimonia che Agropoli fu insignita del seggio Episcopale. Nel 882 i Saraceni invasero la zona e crearono, tra il fiume Foce, le mura di Agropoli e la strada di accesso al promontorio un campo fortificato, un RIBAT, nella loro lingua. Fu questa testa di ponte a sud di Salerno che permise loro di compiere numerose scorribande nelle zone circostanti fino a che, sconfitti dal principe di Salerno, non furono cacciati dalla zona. Dopo la cacciata dei Saraceni, il Vescovo, che al momento dell'invasione si era rifugiato a Capaccio, ritonò, ed Agropoli fu di nuovo sede vescovile.